患者如何選擇治療？內科治療
目的在抑制急性發炎，降低發炎造成的腸道破壞。多數患者經藥物治療控制後，病情可以獲得控制；但有部分病人會在病程中又出現急性發炎。急性期時，多半需使用較大劑量的藥物；緩解期時，則以維持病症穩定的最小劑量藥物即可，以減少及避免藥物的副作用。
一、傳統藥物：
- 抗發炎藥物（5-ASA）：
用於控制輕度至中度的發炎，具有多種劑型（如：顆粒劑、持續釋放型的小顆粒劑、栓劑、浣腸劑等），可因應不同的治療需求，方便病患與醫師使用。
- 皮質類固醇：
短期用藥，用於抑制免疫系統，可有效控制急性發病。
- 免疫調節╱免疫抑制藥物：
前兩類藥物仍無法有效控制病情時，則可用免疫調節藥物，如 Azathioprine、6-MP、MTX（Methotrexate）、Tacrolimus（FK 506）、cyclosporine等。此類藥物也可用於降低甚至解除對類固醇的依賴。
二、生物製劑：
目前可用於治療發炎性腸道疾病之生物製劑為「抗腫瘤壞死因子製劑 (anti-TNF-alpha)」，可中和病患體內過多的抗腫瘤壞死因子，達到降低發炎反應、緩解症狀的效果，對中重度患者，療效較傳統治療顯著，其他種生物製劑目前陸續於全球執行臨床試驗中。
患者接受藥物治療的時機一般而言，醫師會建議優先接受內科治療，少數病人因內科治療無效或藥物併發症，或產生腸穿孔、腸道狹窄、腸道瘻管
毒性巨結腸症(即猛爆性大腸炎)或有癌性變化時，就會考慮手術治療。
潰瘍性結腸炎
開刀方法有：
1. 切除整個大腸直腸+小腸造瘻
2. 大腸切除+小腸直腸吻合
3. 復原性大腸直腸切除
克隆氏症
開刀方法有：
1. 切除腸道
2. 狹窄整形
